Issu d'une famille de musiciens, Marcos Zuñiga baigne dans la musique depuis son plus jeune âge. 

Guitariste professionnel, il découvre le monde de l'opéra pendant ses études. Le chant devient alors sa nouvelle passion. Musicien auteur-compositeur, il crée plusieurs spectacles : Guitare et Danse, El Llanto de la Guitarra, Zarzuela où se côtoient différents arts comme la danse, le chant, l'instrument, le théâtre en passant de la musique classique à des influences du flamenco. 

Depuis 2007, il se produit dans plusieurs maisons d'opéra, notamment à l'Opéra de Fribourg, Opéra de Lausanne, Avenches Opéra et au Verbier Festival. 

En décembre 2008, il crée le Duo Papilio avec la guitariste Anna Slezakova. Il a chanté dans de nombreuses scènes internationales comme au Japon, Suisse, France, Espagne, Italie, République tchèque. Il a étudié la technique vocale avec Marie-Françoise Schuwey, Michel Brodard. 

Actuellement, il se perfectionne auprès de Nicole Fallien et Rachel Bersier.